Absolument pas! Les objectifs de Phenomer sont bien distincts de ceux des réseaux d'observation et de surveillance des microalgues (REPHY, SOMLIT). L'objectif principal de Phenomer est d'améliorer nos connaissances sur la biodiversité des microalgues. Ceci est également un des objectifs du réseau REPHY, mais ce dernier s'intéresse davantage aux espèces produisant des toxines dangereuses pour les consommateurs de coquillages.

Certains objectifs de Phenomer  et des réseaux d'observation et de surveillance sont tout de même complémentaire. La surveillance régulière de l’ensemble des espèces phytoplanctoniques permet de détecter des espèces toxiques et nuisibles déjà connues, mais également de découvrir des espèces potentiellement toxiques. La présence de ces espèces toxiques dans l'eau nécessite la mise en place d'une surveillance des eaux et l'étude des toxines ingérées par les coquillages. Le REPHY est donc étroitement lié au projet Phenomer, car il sera informé immédiatement lors de l'identification d'une espèce toxique par le programme Phenomer.