Une des explications possibles de l'augmentation apparente des blooms de microalgues à travers le monde est une abondance excessive de nutriments d'origine terrestre, mais c'est loin d'être la seule! La fréquence d'apparition, la durée et l'intensité des blooms de microalgues sont liées à un nombre de facteurs biologiques, physiques et chimiques, et les relations complexes entre ces facteurs n'ont pas encore été toutes identifiées.

Il existe d'autres hypothèses pouvant expliquer l'augmentation apparente du nombre d'efflorescences :

1. les méthodes de détection des blooms étant plus efficaces et les efforts de suivi plus intenses, les blooms sont plus facilement repérables
2. les espèces responsables de ces blooms peuvent être des espèces non-indigènes, introduites par les eaux de ballast ou des transferts de coquillages dans le cadre de l'activité conchylicole).
3. une diminution de la quantité de zooplanctons brouteurs de microalgues qui constituent les principaux consommateurs du phytoplancton dans la chaîne alimentaire marine
4. le changement climatique peut modifier les courants marins et les masses d'eaux, ce qui peut favoriser la concentration des microalgues à un endroit précis.